在人民的支持下，安德洛尼卡三世击败了安德洛尼卡二世派来的土耳其人雇佣兵，迫使老皇帝订立城下之盟。协议规定安德洛尼卡二世继续承认安德洛尼卡三世为皇太子和皇帝继承人，而后者则承认前者的皇权。老皇帝亲自为其孙加冕，战争似乎有了圆满的结果。事实上，这是老皇帝采取的缓兵之计，他暗中准备发起新的进攻。在进攻准备完成后，安德洛尼卡二世便开始迫害安德洛尼卡三世的亲信，并禁止后者返回首都。安德洛尼卡三世在好友约翰的资助下，立即在马其顿地区发动进攻，大败其祖父，而后未经战斗便占领了首都，迫使老皇帝退位。这场内战不仅使本来就极为衰弱的中央集权遭到彻底削弱，而且更为危险的是内战双方都投靠或借助某个强大的外国势力，安德洛尼卡二世与土耳其人和塞尔维亚人关系密切，而安德洛尼卡三世则与保加利亚人结盟，从而为外敌侵入拜占庭提供了充足的借口。
在引狼入室方面，紧接着第一次内战之后发生的"两约翰之战"更是有过之而无不及。这场内战是由大贵族约翰·坎塔库震努斯发动的。他被后代学者评价为"巴列奥略王朝统治时期最杰出的政治家"，在安德洛尼卡三世统治时期，曾任宰相和军队总司令，其军事素养和政治家及外交家的才能得到了充分发挥，在内政和外交方面都取得了重要成就，以致安德洛尼卡三世临终前在"托孤"时希望他登基称帝。但坎塔库震努斯坚决不受，发誓全力扶助9岁的小皇帝约翰五世（1341-1391年在位）。
但是，安德洛尼卡三世死后仅4个月，皇后安娜和大教长约翰 等人设计陷害坎塔库震努斯，迫使他起兵反叛。这样，以皇后安娜为一方，以约翰·坎塔库震努斯为另一方的内战便爆发了。战争一开始，交战双方都积极勾结外国势力。安娜依靠保加利亚军队，击败约翰·坎塔库震努斯对阿德里安堡的进攻，而后者则凭借雄厚的家资雇佣塞尔维亚人和土耳其人军队在色雷斯和马其顿地区与皇家军队展开拉锯战。随着战事的激化，安娜向其母邦意大利萨伏依王国请求派遣十字军骑士，并勾结塞尔维亚国王从背后打击坎塔库震努斯。后者被迫勾结奥斯曼土耳其人，最终赢得了战争第一阶段的胜利。1347年，他将女儿海伦娜嫁给约翰五世后，在承认小皇帝约翰五世的前提下，被立为共治皇帝，称约翰六世（1347-1354年在位）。
