慈禧太后作为后妃势力的主谋者，与慈安太后钮祜禄氏一起商量 对策，开始行使她们的权力，掣肘肃顺等人的政治行为。不久就挑起垂帘听政之议。正想寻找时机与肃顺一派任性一搏的奕?迅速与慈禧太后联合起来，一场影响中国近代历史进程的宫廷政变随之爆发。
御史董元醇奏请皇太后垂帘听政，八辅臣以无此祖制，拟旨痛加驳斥。慈禧太后却将所拟之旨留中不发，引起两宫与八大臣之间的尖锐冲突。
恭亲王奕?把对肃顺不满的人聚拢在一起，又利用外国侵略者对他的信任和配合，积极策划反肃顺行动。他以奔丧为名，赶到热河，与两宫太后密谋，然后返京布置。一面筹划新皇帝即位事宜，造成一切正常的假象；一面又在亲信大臣中秘密串联，暗中作政变准备。
两宫太后带领皇太子从热河回到京城皇宫，立即召见恭亲王奕?密谈，并于次日正式召见了奕?及桂良、周祖培、贾祯、文祥等大臣，历数载垣等人的罪状，传旨将其革职问罪。此时，肃顺护送着咸丰帝梓宫刚刚行至密云县，睿亲王仁寿率兵前去拘捕，在毫无准备的情况下，辅政八大臣全部落网。又经内阁会议拟定了肃顺等人不能尽心议和，失信于各国，擅自主持国家政务，抗拒垂帘，且无君上等罪状，将肃顺斩决，并勒令载垣、端华自尽，景寿、穆荫等人革职戍边。两宫太后懿旨授恭亲王奕?为议政王，在军机处行走。
