另外一部分研究学术的人认为，他这样做并不能被戴上"反动"的帽子，这样的说法也是有依据和基础的，他们认为那时太平天国和当时的清政府相比，并没有先进多少，就算是获胜，也不至于会带来多少光明，相反，还可能带来更大的黑暗，1989年 ，著名哲学家冯友兰的著作出版，在被采访的过程中，他本人也说出了这本书的内容是为曾国藩翻案，太平天国那时主张推行的是神权政治，如果让他们实现统一，那么历史将会退回到黑暗时期，否定他们定然要为另一方翻案，曾国藩打败了太平军，这避免了历史倒退到神权时代。
袁伟是当代学者，也持有类似的观点，他指出曾国藩作为统帅，确实战胜了太平天国，但是问题就是这场战争有何性质，如果这是推动中国社会走向现代化，与反对现代化的势力想搏斗的话，而清政府作为后者，曾氏自然是有罪，不幸的是，当时的清政府固然思想腐朽，而有的史学家也证明在太平天国建立后不久便迅速封建化，只要将这个前提确认，那么，清政府同后期的太平天国决战，便成为了两个宗法专制集团的斗争，曾氏镇压革命力量的罪名也就被推翻，从而难以成立。
