说完之后，朱棣不等方孝孺答话，就令随从拿来笔墨纸砚，非要方孝孺写下诏书不可。
如果，方孝孺此时按照朱棣的意思来拟写诏书，那么，还有可能保住性命。可是，方孝孺早已抱定了必死之心。他将朱棣的笔扔到地上，然后，大义凛然地说："你就是杀了我又如何，反正我是绝不会为你写诏书的。"朱棣听了之后火冒三丈，命令将方孝孺车裂于街市。
方孝孺死后，朱棣的怒火仍然没能熄灭，他将方孝孺的亲朋好友和门生故旧尽数杀死，这才住了手。可见，手上沾满鲜血的朱棣，以其恐怖的统治手段震慑住了反对他的人。之后，他又常常宣称自己的生母就是马皇后，甚至，将这种说法写入到了《太祖实录》。
然而，权威性极高的《南京太常寺志》中，白纸黑字地记载着：朱棣的生母是碽妃。碽妃又名李淑妃，是高丽人送给朱元璋的妃子。朱棣是早产儿，他出生的时间比朱元璋预料的提前了很多。因此，朱元璋便怀疑碽妃做了背叛自己的事情，并以这样的理由处死了碽妃。
