只是在实际操作过程中，由于地方督抚还兼有考核官员的职责，而提督、总兵就在巡抚考核范围之内，如果不好好伺候，给你往上参一本告一状，那可是吃不了兜着走。而中央一般不敢得罪封疆大吏，因此督抚对提督以下军官的控制权大大增强，其调动任免虽然形式上依然由中央控制，但中央基本上要遵循督抚的意图。
各地驻防八旗与本地行政长官督抚以及绿营各成系统，互不统属。虽然总督、巡抚的权力很大，甚至在事实上提督以下各级军官与督抚形成依附关系，但是八旗是由皇帝直接指挥，平时由八旗都统衙门负责管理调动，兵部和督抚无权指挥和管理。反而是将军、副都统在战时可指挥节制由总督、提督统领的绿营兵。
总督的官阶是正二品，挂尚书衔后为从一品，与将军、提督的官阶相同，从权力来说总督、巡抚的要大一些，但是从政治地位来说驻防将军要高于总督和提督，在一同会奏时将军署名在总督之前，以示尊崇。
