绿营最高的官职是提督，官阶与将军相同也是从一品，执掌一省的绿营，总兵受提督统辖，官阶正二品，掌理本镇军务，又称"总镇"。
绿营的建制分标、协、营、汛几级，标又分为督标、抚标、提标、镇标、河标、漕标等，分别由总督、巡抚、提督、总兵、河道总督、漕运总督统率，各标指挥官为绿营总兵，而省以下的行政单位，道、府、厅、州、县，各级政府均有绿营配置，虽然由各级绿营军官指挥，但是既得服从上级军官指挥，又得服从行政官员领导。
从这就可以看出，庞大的绿营被切割开来。名义上提督是一省的最高军事指挥官，但是手下的各部队又分别受到各级政府官员的节制。而提督是接受兵部和总督的双重领导，虽然在地方军事指挥系统中提督属于总督的下属，但是部队的调动、提督的任免都是中央负责，总督、巡抚能够直接指挥的部队就是自己的督标、抚标。提督以下各级将领，高级将领如总兵、副将由中央任命，中低级将领由总督提名，中央批准。
清朝统治者精心设计的这种军事指挥上的重叠，主要是基于两方面的考量：一是由于绿营是由汉人组成的军队，数量是八旗的数倍，他们害怕少数汉人拥有过多的军事指挥权会危及到其统治地位。另一方面地方上总督、巡抚这样的封疆大吏兵权越大，对于中央朝廷的威胁也就越大，所以分权制衡是最好的处理办法。
