但在东林党的对头马士英和明王朝残余的几支军队的拥护下，朱由崧强势入主南京并登基称帝，结果，反对他的东林党在北方大敌虎视眈眈的情况下，不断从政治上对朱由崧及马士英发动进攻，使得这个南明政权一直都处于内斗当中，根本没有整合力量对抗即将南下的清朝，弘光政权仅存在一年就被消灭，朱由崧被清军俘虏后处死。
南明的第二个政权，皇帝是唐王朱聿键，即隆武皇帝，隆武在福建登基之前，浙江还有两个监国，一个是潞王，降清后被处死，一个是鲁王，后逃奔海上继续抗清。隆武是弘光政权灭亡后，从南京逃出来的，在逃亡路上，被东林党人黄道周和安南伯郑芝龙接到福建登基称帝。
隆武政权成立后，依旧遇到了内斗这个大问题，斗争双方就是东林党的代表黄道周和福建的地头蛇郑芝龙，郑芝龙掌握着隆武政权的所有兵权，他只愿意割据福建，而不希望赔上老本帮助隆武帝北伐，隆武和黄道周都无力制约郑芝龙。
再加上明朝皇室的威慑力在崇祯、弘光两任皇帝死后，已经丧失殆尽，南方的其他士绅势力也对隆武阳奉阴违，最终，隆武政权也只存在了不到一年，黄道周自己募兵北伐，结果被清军杀死，而后，郑芝龙降清，隆武孤身强行北上，也被清军追上杀死。
