公元1632年，莽古尔泰不知因何原因，重新得到皇太极的起用，跟随皇太极出征，在战争取得胜利后，跟随皇太极班师回朝。但是这之后仅仅过了一年，莽古尔泰就去世了，终年四十八岁，关于莽古尔泰的死因，一直众说纷纭。莽古尔泰去世后，皇太极亲自去府中祭奠。
如果说莽古尔泰的真正结局到此的话，那还算是相对比较好的一个结局。然而莽古尔泰的结局却并没有止步于此，在莽古尔泰死后的两年，莽古尔泰亲妹妹的属下，告发莽古尔泰和德格类还有亲妹妹莽古济，曾经在府中密谋夺取汗位之事。
事实上兄妹三人也确实曾有过密谋，只不过这三个人当事人，当时只有莽古济还活着，剩下的两人早已去世。加上还有莽古济的丈夫作为证人，皇太极又搜到了刻着大金皇帝的玺印，莽古济自然难以辩白。
最终皇太极以谋逆之罪论处莽古济，德格类，莽古尔泰三人，将他们的爵位削去。同时他们的名字也从宗室中抹去，莽古尔泰之前所率领的正蓝旗被取消，正蓝旗中的人都被划入到正黄和镶黄两旗。不久后皇太极虽然又将正蓝旗恢复，恢复之后的正蓝旗已经恢复不到往日的辉煌了。
可以说莽古尔泰的悲剧，全是由他自己的性格造成的。但凡他能控制自己的情绪也就不会落得如此悲惨的下场，虽然控制情绪不是走向成功最关键的原因，但是至少也会保证自身结局不会那么惨，在清朝初年这些结局不好的人中，因为控制不好自身的情绪，鲁莽行事，最终导致悲惨下场的还是大有人在的。
