此外，建文帝启用李景隆，结果一败涂地，此时徐辉祖挺身而出，在白沟河之战中，成功掩护李景隆撤退，建文四年，徐辉祖带兵北上，与燕兵交战于齐眉山，重挫燕军，阻止了燕军南下。
然而朱允炆听信谣言，说燕军溃败、南军大捷，然后又认为"京师不可无良将"，于是把士气正盛的徐辉祖召回，此举不仅给了燕军喘息的机会，更是扭转了战局，自此燕军一路南下，势如破竹。
朱棣兵临南京城，大臣们开城门迎接，徐辉祖却一个人跑进了父亲的祠堂，朱棣进城后把徐辉祖关进了大牢，后来又亲自召见他，徐辉祖却不屑一顾、一言不发，朱棣想杀他，却又不敢，最后只能削去了他的爵位和俸禄。
徐辉祖如此对朱棣，朱棣为何不敢杀他？原因有二：其一，徐辉祖是中山王徐达的长子，朱元璋赐徐达三次免死机会，他的子孙也有两次免死机会；其二，徐辉祖是朱棣正妻徐皇后的弟弟，朱棣当然不敢伤了皇后的心。
