时任美国驻突尼斯领事威廉·伊顿几乎凭一己之力扭转了战争的局势。伊顿原是一个牛仔，大学时就读于精英云集的达特茅斯大学，能讲一口流利的希腊语和拉丁语。他还是一个印第安战争时期的老兵，有一手飞刀绝技，两米开外百发百中。伊顿不能容忍此番"以国家利益换取一个柏柏尔海盗国家宽容的交易"，遂提议以1000名海军陆战队员攻克突尼斯。随后，他又提出了多个迫使利比亚发生政权更迭的计划。两项提议均遭国务卿否决。于是伊顿单方面采取了行动。他先是在埃及招募了卡拉曼里王朝的一名王子哈迈特，随后组建起一支由9名陆战队员与400名雇佣军组成的军队，然后带着这支由阿拉伯人和基督徒组成的杂牌军穿越沙漠、行军500英里，对的黎波里第二大城市德尔纳发动突然袭击。在随后的激战中，伊顿和哈迈特取得了胜利。但伊顿利用政变进军的黎波里的计划却遭到了挫败的黎波里的帕夏慌忙向美国递交了一份合约，双方当即进入了和谈阶段。随着哈迈特被送回埃及，失落的伊顿也踏上了归国之路。这位抗命英雄的功绩至今未获承认。
1803年，杰弗逊抓住拿破仑出入意料出让法国土地的机会，买下路易斯安纳，美国国土面积因此激增一倍。对这一大胆举动，杰弗逊坦言，他在作决定时并未获得国会授权。但此举保障了美国的稳定，创造了杰弗逊口中的"自由王国"，更为他再度竞选总统赢来了压倒性的胜利。杰弗逊发出了"人生而平等"的宣言，却终身因其过于激进的观点受到责难。他坚决反对奴隶制，但同时却在弗吉尼亚种植园中拥有大批奴隶。他唯一的著作《弗吉尼亚笔记》中关于奴隶制度的讨论透露出他对异族通婚的强烈反对，甚至时有强烈的种族主义色彩。杰弗逊承认自身的这一根本性矛盾，这一矛盾源于正义与自保之间不可调和的冲突。他曾与一位友人谈及奴隶制度:"我们抓住了狼的耳朵，可这样既不能抓住它，也不能安全地放它走。"杰弗逊极力对当时的人们隐藏自己的私生活，对后世亦是如此。
