结束了苦逼的编修生活，徐世昌来到袁世凯的部下，到新建陆军营务处公干，他是袁世凯的二把手，袁世凯不在时，徐世昌代行袁世凯的职责，两人同心协力，将袁世凯从李鸿章手中接手的北洋军队，练出了一支新军，创办了北洋新军，徐世昌以文修武、以军功进身，奠定了自己在北洋仅次于袁世凯的地位。
庚子以后，袁世凯一跃成为继李鸿章之后中国政坛的台柱，徐世昌也进入中央最高层，既是尚书，总督，又是军机大臣，辛亥革命的时候，徐世昌从清廷拿到了太傅衔太保的名义，达到了清朝官员的最顶点。
晚清时候，东北是清朝当局最为混乱的地方，日俄对东北虎视眈眈，都想独吞东北，就在这夹缝之中生存的东北却被徐世昌治理的井井有条，当时，日本控制了朝鲜，因此中日边界就常常被日本人拿来当做猫腻的筹码，面对日本人的挑衅，徐世昌都严词拒绝，在他出任东三省总督期间，日本人对中国领土秋毫无犯。
