随后玄武门之变时，秦琼旗帜鲜明，坚决站在李世民一边，与他一起诛杀了太子李建成和齐王李元吉。
不过玄武门事件后，秦琼因为久病缠身，功成身退。我们足以看出，秦琼绝对不是缺乏锻炼造成的身体虚弱，而是在长期征战中积累的伤。据《旧唐书记》上记载"其后每多疾病，因谓人日，吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮，计吾前后出血数斛失，安得不病乎"。
公元638年，贞观十二年，秦琼病逝。
秦琼去世后，成了神仙、门神。民间传说，太宗皇帝晚期经常做噩梦，邪魔骚扰，不得不寻求佛教思想来安慰，于是有了大唐帝国高僧玄奘。虽然玄奘佛法高深，但太宗皇帝还是不得安宁，于是又叫叫秦琼与尉迟恭二人每夜披甲持械守卫门于宫门两旁，结果果然效果很好。但二人寿命有限，而且也不能每日守候，所以，李世民让人将二人的相貌画下来，贴于门口。之后就成了如今人人都在用的门神，贴来辟邪。
