关于珍妃的死因，《清列朝后妃传稿》里这样记载，"妃有宠于帝， 光绪二十六年各国师入京师，帝西狩，妃仓猝不能从，于宫中殉焉。"按照这个说法，珍妃是"自杀"的，这显然是杜撰的。慈禧太后在世时，宫廷里关于珍妃死因一直没有准确的说法。当慈禧太后从西安回宫后，还厚颜无耻地做了一件事，"上年京师之变， 仓猝之中珍妃启从不及， 即于宫内殉难， 洵属节烈可嘉， 恩著追赠贵妃位号，以示哀恤。"
慈禧太后之所以将珍妃投井，最根本的原因是她感觉到珍妃是最大的威胁，珍妃进宫后，隆裕皇后渐渐失宠，这是慈禧太后不能忍受的，"德宗尤宠爱之，与皇后不甚亲睦。"受到良好教育的珍妃善解人意，"日侍皇帝左右，与德宗共食饮共玩共乐，对于男女之事毫不在意。"另外，珍妃还经常对身边的太监宫女们赏赐，这让珍妃很受大家的欢迎。
这还不是主要的，彻底惹恼慈禧太后是珍妃曾因卖官一事，慈禧太后曾就此当面训斥珍妃，结果珍妃则质问："祖宗家法亦自有坏之在先者，妾何敢尔？此太后之教也。"慈禧太后耳中最不愿意听到的就是自己"垂帘听政"，珍妃这句话相当于直接给自己判了死刑。
