等到康熙帝继位，先后平定了三藩之乱、收复了台.湾，经济水平也有了很大提升，清朝国力蒸蒸日上。在这种情况下，康熙决定给不听话的毛熊们一个教训，于是先后两次下令清军进攻占据东北雅克萨城(今黑龙江主航道以北的俄罗斯阿尔巴津诺)的俄军。1685年6月，由都统彭春率领的清军用"红衣大炮"围攻雅克萨三天之后，城中的俄军不支， 俄国的"阿尔巴津督军"托尔布津乞降，保证将"不再来犯"。因此清军主帅彭春允许残余的俄军携带个人财物离开雅克萨，并提供了必需的马匹和食物将其送至额尔古纳河口。清军焚毁木制的雅克萨堡垒后也退往黑龙江城（今瑷珲）。俄军残部狼狈回到了尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）。
但是在得知清军班师之后，毛熊故技重施，背信弃义的托尔布津立即再次率兵入侵黑龙江流域，于8月27日悍然重占雅克萨，这时距离第一次雅克萨之战结束还不足两个月。于是，1686年夏，黑龙江将军萨布素再次出兵雅克萨，并在攻城的第4天的战斗中击毙敌酋托尔布津。但清军受阻于俄军新建的雅克萨城堡之下，只得转入长围久困。从1686年8月起，在低达零下40摄氏度的严寒中，清军围困雅克萨长达10个月，直到1687年5月16日，中俄双方即将开始签订《尼布楚条约》前的漫长边界谈判，清军逐渐从雅克萨撤军，第二次雅克萨之战宣告结束。
随后，清、俄两国开始谈判，签订了著名的《尼布楚条约》。该条约明确划分了两国边界：从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭再向东直到大海，这一线以南属于中国，以北属于俄国；西边以额尔古纳河为界，以南为中国，以北属于俄罗斯。尽管《尼布楚条约》是两国之间的平等条约，与后来的《南京条约》《马关条约》《辛丑条约》完全不是一个性质，但从实际情况上看，凭借该条约，毛熊反而多得到了十余万平方公里的新领土，等于是清朝在战场取胜的有利形势下反而在谈判桌上做出了重大让步，也正式放弃了对西伯利亚地区的领土要求。之所以会出现这种局面，一是当时清朝对这些苦寒之地也不感冒，有它不多没它不少；二是此时准噶尔部正严重威胁着清朝西北地区的稳定，为了对准噶尔作战，清朝希望尽早结束与俄国的敌对，避免陷入两线作战。从军事上讲，由于当时清朝已经把统治重心转移到关内，而且严禁内地人出关，关外没有足够的力量守卫广大的外兴安岭以北之地。两次雅克萨之战，清军一次出兵3000千，另一次只有2100，大部分人马还都是从关内调集的。而且出动这么点兵，在后勤补给上就已经吃不消了。在这种情况下，清朝自然不愿为不属于国家核心地区的地方耗费太多国力，因而也就不再对西伯利亚提什么主权不主权了。
时过境迁，随着近代以来科学技术的飞速发展，昔日的苦寒之地已经能够通过人类的后天改造变得能够生活居住。如今中华版图的每一寸土地，都是960万平方公里中不可或缺的一部分。不管是多么偏僻荒凉的土地，我们也决不放弃这些地区的主权，这不仅是对历史的负责，更是对未来的担当！
