到了汉武帝时期，汉武帝不再愿意和亲，而是重用李广、卫青、霍去病等人，开始征讨匈奴，匈奴节节败退。
两汉时期，汉人与匈奴的战争从未真正停止，匈奴的势力逐渐衰弱。在东汉时，公元46年，匈奴内部突发自然灾害，牧草枯死，牲畜病死。
就在这时候，匈奴又发生了内乱，匈奴分裂为南北匈奴。南匈奴投降了汉朝，逐渐被汉化，之后剩下的匈奴实际上只有北匈奴了。
公元89年，北匈奴再次出现内乱和天灾，东汉王朝趁机联合南匈奴，共同攻打北匈奴，北匈奴一路败逃。
五胡十六国时，南匈奴建立前赵和夏等王朝，北匈奴迁往康居，逐渐汉化，之后消失。
