最开始的时候崇祯皇帝因为看到李自成起兵造反，就把他的祖坟刨了，后来李自成作为回击，也还了崇祯皇帝一个大礼，把他祖坟刨了一个。
崇祯十四年，李自成率军队攻打洛阳，攻下城池之后，对出来投降的福王朱常洵没有手下留情，而是一举杀死。同年，张献忠攻克襄阳，也把襄王朱翊铭处死，根据当时记载，两人只要看到是朱元璋的后代，一律杀掉，不管是不是投降还是什么。
凡王府宗支，不分顺逆，不分军民，是朱姓者，尽皆诛杀。
次年，也就是崇祯十五年，李自成与张献忠继续杀害朱元璋后代，李自成攻克汝宁，将朱元璋的后代崇王朱由樻、河阳王朱由材还有朱慈辉等人一并处死。后来李自成倒是变得有点心软，比如秦王朱存枢，李自成在占据西安之后就没有把他杀死，而且还给了他一个小官当。
