虽然朱棣继位之后，很多大臣包括太子朱高炽也曾建议他下令赦免这些所谓的罪臣，但朱棣都没有同意。而等到明仁宗朱高炽登基后，不到两个月的时间里，就颁布诏令，赦免了因靖难之役被惩处的罪臣及家眷，并允许一些官员可以官复原职。
也正是由于朱高炽这样的举动，让永乐朝遗留下来的恩怨就此烟消云散，更为大明帝国赢得了天下士子们的赤诚之心。而也正是从这个时候开始，明朝的文官集团之地位才得以快速提升。
三、改变官场风气
在洪武和永乐两朝，朝中官员大都过着朝不保夕的生活，当然，两位君主政治手腕都太强，稍有不慎，便会遭到打击清理。洪武朝的胡惟庸案、蓝玉案，永乐朝的方孝孺案等等，让数以万计的人成为政治的牺牲品。为了能保全性命，很多臣子平日里都不敢多言，无论是对的还是错的，臣子们大都不敢有所言语，因此整个官场看上去死气沉沉的，缺乏活力！
