惠帝建文元年，燕王朱棣发动争夺皇权的战争。惠帝在朝廷上与大臣们商议讨伐，而讨伐的诏书就是出自方孝孺之手。燕军骁勇善战，而朝廷内能征善战的大将都已被朱元璋杀尽，没有可用之人，最终燕王取得了胜利。朱棣骑兵时，谋士姚广孝曾恳请他："您取得胜利后，方孝孺定是不会投降，但您万不可杀他，否则天下读书的种子将被灭绝，对您的英明也有损害。"朱棣满口答应。当燕军取得胜利后，朱棣急于登基，便想到即位的诏书没有合适的人来写。若论才学文笔，只能选择方孝孺。朱棣此时也想借机劝降方孝孺。于是在满朝文武的奉天殿上，锦衣卫将方孝孺带上大殿后，朱棣便劝说方孝孺归顺。穿着孝服的方孝孺就是不说话，朱棣便命令刽子手把另一个不肯归顺的大臣拉来，割下他的舌头，砍掉他的双手，以此恐吓方孝孺。但方孝孺不为所动，朱棣只好将他关在监狱。几日后，朱棣又派方孝孺的学生廖镛、廖铭前去劝说，结果被方孝孺痛斥一顿。朱棣没有办法，只能亲自前去劝说，并辩解自己入京是为了清君侧，铲除皇帝身边的奸臣，不料皇帝自焚，为稳定局面，只好自己登基。宦官将纸笔放在他面前，让他起草朱棣即位的诏书。方孝孺拿起笔来，扔在地上，大声骂道："要杀就杀，我就是不写！"
朱棣气急败坏，恶狠狠地说："难道你不怕我灭你九族？"方孝孺大义凌然，答道："你灭我十族又如何？"朱棣勃然大怒，下令将方孝孺凌迟处死。
朱棣气急败坏，恶狠狠地说："难道你不怕我灭你九族？"方孝孺大义凌然，答道："你灭我十族又如何？"朱棣勃然大怒，下令将方孝孺凌迟处死。而方孝孺的家人都知道他不会屈从朱棣，自己也命不久矣。于是，他的妻子和两个儿子自缢而死，两个女儿投河自尽。朱棣将方孝孺九族诛尽，还不解恨，又把他的门生和朋友，一并处死。被杀者达到了873人，投入监狱和流放充军者多达数千人。
朱棣后来每次想起这件事就恼火，又下令：凡是藏有方孝孺文字的，一经发现，便是死罪。
