在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，对各级官员都进行了合理的调配，并在军事上重新做了部署，预想等清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。
顺治八年(1651年)八月，清朝总督陈锦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海在张名振的陪同下，赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。
顺治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害。张煌言上书朱以海继承大统，但由于郑成功与郑经的不支持，最后不了了之。郑成功死后，朱以海一度无人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金门被活活饿死，结束了他坎坷的一生。
