明朝的复兴形势本来一片大好，结果南明朝廷的内讧打破了这一切。顺治五年(1648年)，郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，又逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，用假装跳河的招数威胁郑彩，亏得左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人才算了事。
朱以海不甘心成为郑彩的傀儡，于是任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。郑彩排除异己的行为最终导致南明取得的大部分地区又被清军夺走。
顺治六年(1649年)正月，张名振攻取健跳所，朱以海遂到健跳所居住。张名振效仿诸葛亮的"隆中对"，建议朱以海先取舟山作为根据地，这样的话，朱以海和大臣们就不用一直住在船上了。同年9月，舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
