袁崇焕的另一个不能为崇祯容忍的点就是他滥用职权，私自杀了毛文龙。当时的袁崇焕在宁远和锦州防守，是正面战场上的主力，而毛文龙则在东江镇防守，相当于在后方袭扰清兵的游击队。这两人的配合曾让清兵头痛不已。1629年，袁崇焕私自杀死了同为二品官员，地方都督的毛文龙，崇祯会怎么想？你是要拥兵自重，坐地要价。你大逆不道啊！
在毛文龙被杀后，清兵的后方安静了，他们就可以直逼京城了，接下来就是首都保卫战。袁崇焕在这场战役中的表现实在太差了，此战直接导致崇祯对他下了杀心，老百姓也巴不得他死。
那是1630年，时任兵部尚书和蓟辽总督，是拱卫京城最重要的力量，可是他却没能守住清军，那年10月，清兵绕过宁远，紧逼京城，袁崇焕却错误地判断了清兵进攻的方向，导致清兵一直打到了北京城外，一通烧杀，京城蒙受了巨大的损失。此时距离当年袁崇焕的5年之约已经过去了2年，崇祯看不到希望。
