原本天京事变时，杨辅清也已经被韦昌辉列入诛杀名单，只是因为此时他在江西领兵作战，才幸免于难。之后，韦昌辉被杀，石达开出走，杨辅清驻军在江西抚州，被封木天燕，但他不敢回天京，而是跟随石达开作战。1857年，杨辅清与石达开在福建、江西境内作战，屡破清军。
1864年天京陷落，太平天国失败。苦苦支撑的杨辅清部也接连遇挫，眼看无力回天，杨辅清不愿意部众再做无谓的牺牲，于是将他们都遣散了。他自己走上海、回广西，又去广东、湖南、安徽、福建，足迹遍及半个中国。
杨辅清后来潜回原籍，又到贵州、广东、湖南、安徽等地，结交各地豪杰，妄图有朝一日，再度起兵。1874年， 日本侵犯台湾，形势一度非常紧张，清朝的东南各省纷纷募兵。
杨辅清认为时机已到，潜入福建，想打入清军内部，然而谋划起义。结果杨辅清被人出卖，在福建省晋江县被当地官府逮捕。对于以往的经过，杨辅清供认不讳，他隐匿十年，最终还是功亏一篑。1874年7月，经过朝廷批准，浙闽总督李鹤年将杨辅清凌迟处死，"枭首示众"，这就是太平天国最后一位军师的结局！
