在与亲信们秘密计划与周密布置后，终于在永元四年（公元92年）六月二十三日，刘肇坐镇北宫，下诏逮捕窦氏干将们，并将他们全部送往监狱处死。同时派人收回窦宪的大将军印信绶带，将他降为冠军侯，连同窦太后的兄弟们一并押送前往各自的封国。
和帝还是挺仁慈的，他看在窦太后面子上不愿正式处决窦宪，而选派严苛干练的封国宰相监督他。在确认窦氏兄弟们到达封国后才勒令他们自杀。至此，汉和帝成功夺回政权，这再现了汉宣帝刘询诛灭霍禹的故事。
夺权后的汉和帝，亲自打理朝政事务，从不怠慢，他的为政举措为，
政治上：选官用贤－他当政时期，曾四次专门下诏纳贤，为的是努力改变当时吏制的空虚与堕落现象；
