孩子大了，跟母亲有矛盾分歧，在正常不过。光绪帝以慈禧太后亦是这样。而他们母子间的最大分歧便是慈禧太后答应一批重臣，在小皇帝成年后，依然亲政几年，在重大问题上为小皇帝把关。这个决定本意上不必恶意解读，但她的这个决定确实为中国政治的后续发展留下了巨大的变数，使帝制时代皇权为中心的唯一性问题发生了变化，由此产生了所谓的帝党与后党之争。所谓后党就是一批围绕在太后身边马首是瞻的人，所谓帝党就是一批为新皇帝差遣，忧国忧民之人。不管这两个是否存在亦或是怎么争，要看到的是，从新皇帝开始亲政，慈禧太后是逐渐放权给新皇帝。比如在甲午战争中，慈禧太后参与了甲午战争的决策过程，但是很明显，无论是在战前还是战后，慈禧太后都没有全部包揽，一言九鼎，她尽量让光绪帝自己做主。她们母子之间的感情，没有因为这场战争而发生裂痕，也没有因为战争的失败受到影响。
两宫的感情出现问题是在戊戌变法之后，问题的来源主要是因为康有为策动"围园弒后"，企图以暴力来消除其想象之中的旧势力。康有为或许并没有恶意，但他的做法让光绪帝无辜躺枪。现在的史料已经充分表明，康有为的计划与光绪帝毫无关系。但在慈禧太后心中，或者在所有人心中，谁是其中的最大受益者，很显而易见。所以慈禧太后认为这是光绪帝策划参与的无可厚非。任何一个母亲，面对自己的儿子联合众人来反对自己，无论心胸多大多广，产生一些困惑、愤怒的情绪，难以避免。何况是一直长期处于权利巅峰的慈禧太后 更是有种小皇帝背叛自己的感觉。这是1898年政变后两宫一直无法化解的心结。
关于光绪帝之死，一直是一个历史未解之谜。据正史和清廷御医的看法，光绪帝是正常死亡，是长期受到肺结核、肝脏、心脏等慢性疾病的侵扰，致使免疫力严重下降，最后合并急性感染而死。但现在有最新的调查成果显示，光绪帝就是死于中毒，但是究竟是不是慈禧太后毒死的光绪帝，至今没有可靠的说法。历史很蹊跷，在光绪皇帝死后不到一天，慈禧太后也一命呜呼了。清代的官方文件的说法，慈禧太后之所以一命呜呼，是得知儿子死了，她想到自己青年丧夫，中年丧子，现在晚年了，不仅天伦之乐没有享受到，现在连养子都死，不禁悲从中来，加之患病，徒增了病势，遂致死亡。这个解释合乎人道、合乎情理、合乎历史、合乎逻辑。有些人把猜想当成历史结论，一味认为慈禧太后是个恶毒后妈，毒死了光绪帝。真相是不是这样，还有有待考究。
