三、盟旗制度
清朝为了分化蒙古族，并严格控制上层统治阶级，实行了盟旗制度。原蒙古各部落被设置成旗，如果部落规模庞大，还要将部落分化成若干个旗。各旗设置固定的场所，不许越界放牧。旗是蒙古最基本的行政单位，旗主为札萨克，是各旗的最高行政、军事长官，可以世袭，受理藩院与将军、都统节制。几个旗上设置一盟，每个盟设盟长一人，由皇帝指派人选。盟长没有派兵权，也不能干涉各旗内各项事务。他的职责有两个，一是负责监督各旗札萨克的日常生活，是否有违反清朝的各项政策或者有无谋反；二是组织盟内各旗会盟，主要是解决各旗之间矛盾，举行各种蒙古传统的活动，交流感情。
盟旗制度是清朝根据蒙古的实际情况制定的管理制度，在一定程度上限制了蒙古部落之间的交流，有利于牧业的民展和社会的安定。同时由盟长监督各旗，也杜绝了个别部落通过兼并其他部落而做大，有利于朝的统治。并且此项制度最大限度的保持了蒙古的民族传统，又建立起了有效的地方管理组织，加强了清朝中央对蒙古的控制，可以说是一种蒙古族化的"郡县制"。
四、推行喇嘛教
清朝在蒙古大力推行喇嘛教，在精神上麻痹蒙古的上层贵族。并且每年清朝对蒙古上层贵族都有大量的赏赐，在物质上也腐化了上层的蒙古贵族。在精神和物质的双重作用下，使他们逐渐丧失了进取之心。
