虽然打了败仗，可是杀了这么多敌人，也可以向天下人交代了。李陵不肯马上去死，准有他的主意。他一定还想将功赎罪来报答陛下。"
武帝听了，认为司马迁这样为李陵辩护，有意贬低李广利(李广利是汉武帝宠妃李夫人的哥哥)，便勃然大怒，说："你这样替投降敌人的叛徒强辩，是不是存心反对朝廷?"便把司马迁下了监狱，交给廷尉处理。
司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时臭名昭著的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。
司马迁在狱中反复不停地问自己："这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的，就不能发表点意见?"不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。
