公元前99年(天汉二年)。李陵出击匈奴，兵败投降，汉武帝大怒。司马迁为李陵辩护，触怒了汉武帝，获罪被捕，被判宫刑。"人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛，用之所趋异也。"(《报任安书》)
为了完成父亲遗愿，司马迁含垢忍辱忍受"宫刑"。公元前96年(太始元年)，获赦出狱，做了中书令，掌握皇帝的文书机要。他发愤著书，全力写作《史记》，大约在他55岁那年，终于完成了全书的撰写和修改工作。
司马迁以其"究天人之际，通古今之变，成一家之言"的史识，成就了《史记》--中国历史上第一部纪传体通史。
大臣们都谴责李陵不该贪生怕死，向匈奴投降。汉武帝问太史令司马迁，听听他的意见。司马迁说："李陵带去的步兵不满五千，他深入到敌人的腹地，打击了几万敌人。
