更为危机的是，也先大军进逼京畿。而此时的大明王朝内无君王，群龙无首，关键的是群臣面对危机局面，更是人心思变。也正是此时留守北京的于谦站了出来。有如徐有贞主张迁都南京者，于谦严词驳斥。更是在郕王朱祁钰刚刚摄政，便支持他除掉了王振之阉党。
面对也先大军进逼，而京师又无帝君，面对郕王不肯就位，他以国家利益为重，以个人安危为小，坚持让郕王登基。也正是在朱祁钰登基为帝之后，他以武臣像石亨、杨洪、柳博为将，成功的将也先逼退。
但是也正是他在这场土木堡之变以及拱卫京师中的态度，让回归的明英宗朱祁镇自然是耿耿于怀。明代宗朱祁钰更是改立了自己儿子为太子，也为这场祸端埋下了隐患。虽然能够软禁明英宗一时，但是明代宗却岁不假年，1457年病重。而明英宗朱祁镇终于等到了机会，趁机与石亨和曹吉祥、徐有贞等人发动了夺门之变。此时的于谦其实手握大权，但却并未阻止，其实对于明英宗他是相信的。但是也正是这种信任，却为自己酿了一场杀身之祸。
在石亨和曹吉祥构陷之下，他被诬蔑谋立外藩。而面对这样的构陷，他却笑着说道分辨又有何用，欣然就死。即便是明英宗本人，也感觉于谦是有功劳的，犹豫不决。但是在徐有贞等人的谗言下，便决定将于谦斩首。
