首先我们来分析一下历史的原因，在明朝时期就不用说了，终其一朝明孝陵都是朱家的根本之地，每年三大祭，五小祭那是一次都不能少的，而且常年有重兵驻守根本就没有人敢来盗墓。
到了清朝时期，清朝的统治者是满族人，为了笼络广大汉族百姓加强统治，因此对明陵都实行了保护政策，而首当其冲的自然就是明孝陵。
康熙三十八年（1699年），康熙下江南的时候还曾在孝陵亲提“治隆唐宋”四字刻于碑亭，足以见得清朝统治者对保护明孝陵的态度。
到了民国时期，明孝陵已经不仅仅是墓了，而是文化遗址。民国元年（1912年）2月15日孙中山便携南京临时政府官员谒祭明孝陵，还亲自拟写了祭文。再加上明孝陵离城区比较的近，就算是一些别有用心的军阀也不敢冒着众怒去盗掘明孝陵。
当然这些都是大的，政治方面的原因，其主要原因还在明孝陵本身。
1998年，南京组织了一支考古队用现代化技术对明孝陵进行了一次探查。发现明孝陵墓道没有位于中轴线上，而是一道弯曲的偏于西侧的线路，正因为墓道的修建曲曲折折所以盗墓贼才不能直接跟随着墓道进入墓室。
除此之外明孝陵地宫的修建，采用的是横向开凿山体的修建方式。这种方法虽然工程量巨大，但是却十分的保险，如果没有正确的方法，而且在不用现代技术的情况下是很难进入到墓室中的。
经过勘察，专家发现在明孝陵的封土堆下面还铺有一层厚厚的鹅卵石，也就是说如果你想要通过从上而下直接打入到墓室也是不可能的，盗洞会被逐渐倾斜而下的鹅卵石给淹没，别说盗墓就连想要逃出生天都做不到。正因为这重重的机关，才让明孝陵完好无损的保存到了现在。
