杨琏真迦打开棺材后，发现用水银浸泡过的宋理宗尸体保存完好，于是将宋理宗尸体倒挂在陵墓前的树上沥干水银。杨琏真迦离开时，鉴于宋理宗的头颅很大，就割掉带走了。杨琏真迦将头颅带回后，天天把玩，不久他命工匠打磨头颅，镶嵌金银珠宝，将其制作成了一个精美的酒杯。
这个头骨酒杯在杨琏真迦手中长达6年。皇帝的头骨可不是随便能把玩的，1291年正月，杨琏真迦因牵连"桑哥案"，后被处死了。朝廷在抄杨琏真迦的府邸时，发现了这个头骨酒杯，此后酒杯流转于元廷权贵阶层，最终落到了皇帝手中。
就在大家认为宋理宗的头骨再也找不到了，冥冥之中似乎早有安排，朱元璋横空出世。元至正二十七年(1367年)十月，朱元璋派徐达率领大军北伐残元，次年大军攻入元大都。消息传到南京时，元代著名历史学家、时任一品翰林学士承旨的危素悲伤欲绝，他准备在报恩寺投井自杀，结果被僧人劝阻。
