2月，王镇恶部攻克渑池，抵达潼关;中路军沈林子打到蒲坂(今风陵渡)。由于蒲坂"薄阪城坚兵多"难以攻克，因此中路军沈林子和西路军王镇恶部会合，两军联合攻打潼关，可是久攻不下，形成相持。
刘裕主力进入黄河后，拓跋嗣担心刘裕乘势进攻自己，在黄河北岸布置了10万步骑。晋军被水漂到北岸的船只，"水迅急，有漂渡北岸者"，被北魏军队俘获后全部杀死。于是刘裕命令晋军登北岸和北魏军作战，以却月阵击退北魏军。
7月，刘裕大军抵达潼关，他没有进攻潼关，而是先打蒲坂，将蒲坂攻破后，由王镇恶率领水军从黄河入渭，直抵长安。
王镇恶的水军在渭河行使并未受到抵抗，原因是后秦人没有见过南方"无人驾驶"的"蒙冲小舰"，"行船者皆在舰内，秦人见舰进而无行船者，皆惊以为神"。最终王镇恶攻破长安北门，后秦国主姚泓投降，"泓将妻子、群臣诣镇恶垒门请降"。
