宋代以后，为了防止藩镇割据局面的出现，才有了明确的文官和武将的划分，但是，文官看待战争更多的是从政治的角度出发，武将看待战争更多的是从军事的角度出发，并且在宋代文官的改造下，武将的培养单纯强调武勇而轻视谋略。这种情况下，明代五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起就会出现问题。
像宋代文官那样从政治的角度看待战争的明代文官统领武将们作战时，往往会出现一种尴尬的现象：武将领兵快速投入战斗会被文官指责为轻敌冒进、好勇嗜杀;武将选择等待有利时机再出战会被文官指责为畏敌避战、养寇自保。
这种情况下，武将就成了朝廷的战争机器，完全失去了战争中的主动权，如果统领武将的文官具有良好的军事素养还好说，一旦文官像杨镐那样，等待明军的就是萨尔浒那样的惨败。
此外，为了防止武将势力抬头，明代的文官们还拒绝一切有助于提高军队战斗力的建议，比如万历时期戚继光和俞大猷都曾提出过整训明军的计划，结果被文官否决，大明从而错失了最后一次提升军队战斗力的良机。
更加严重的是，五军都督府的权力削弱和兵部地位的崛起又产生了一个新的问题：文官轻视武将、武将对文官阳奉阴违。这种情况下，文官和武将在战争中离心离德就成了一种必然，结果就是像松锦大战那样的惨败在明军中不断上演。
正是由于五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，明末才出现了军事形势由文官的军事素养决定的局面，卢象升、洪承畴、孙传庭等军事素养较高的文官在时，明末的军事形势就很好，当他们先后阵亡或被俘后，明末的军事形势瞬间急转直下，并在不久后灭亡，所以五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起就成了压垮大明的第二颗稻草。
