大业十二年（616）十二月，裴矩隋炀帝至江都。他眼见天下大乱，害怕灾祸降临到自已头上，待人特别有礼貌，特别是对下属。局势恶化后，炀帝周围的人纷纷逃去，炀帝问裴矩，裴矩答道:“诸骁勇敢死之士皆无家，人无匹合，则不久安，臣请皆听纳室。”炀帝听从了裴矩的建议，令矩尽召江都女子、寡妇以配将士。将士大悦，皆称裴公之惠。炀帝昏庸无比，裴矩无所谏诤，一味迎合其奢欲。
义宁二年（618）三月，宇文化及发动兵变，诛杀炀帝。宇文化及至，矩迎拜马首，得以免死。第二年，农民起义军窦建德杀宇文化及，裴矩被俘，待之以礼。裴矩为之建立朝仪制度。唐武德四年（621）窦建德为唐军所败，裴矩举山东之地降唐，拜殿中侍御史，继迁太子詹事、侍中。
