但是李旦当上皇帝后，朝政大权依旧掌握在武则天的手中，武则天的野心也越来越大，并打算追封先祖为王，想做"吕后第二"的意图非常明显。裴炎担心武则天会跟吕后作出一样的事情，就劝阻武则天不要追封先祖为王，武则天自然不会理他，君臣之间由此出现了裂痕。
后来武则天为了稳固自己的权力，多次迫害李唐宗亲，裴炎看武则天的权势越来越大，多次劝谏武则天能够放权，但是武则天权势已经很稳定，自然不会听从裴炎的话，反而更加讨厌裴炎。
武则天权势一天比一天显赫，终于有拥护李唐的忠臣看不下了，英国公徐敬业就在扬州起兵，公开反对武则天。徐敬业的叛乱声势浩大，许多人都纷纷响应，武则天为此事非常烦恼。裴炎又借助这个机会向武则天进言，他说："皇帝已经成年，却始终未能亲政，才让小人有了造反的借口。如果把朝政还给皇帝，叛军不用征讨便会自行瓦解。"
武则天知道裴炎这是想恢复李唐的天下自然不会答应他，并且授意手下人除掉裴炎。懂事的御史崔詧当即弹劾裴炎，道："裴炎身为顾命大臣，不思讨平叛乱，却让太后还政，必是怀有异心。"武则天立马附和，将裴炎打入死牢，命御史大夫骞味道、御史鱼承晔审问。
像裴炎这种有异心的人，怎么可能在武则天的手下过得好呢?有许多大臣为裴炎辩护，声称裴炎无罪。武则天是铁了心要处死裴炎，自然不会听从大臣的话。裴炎没关几天，就被武则天以谋反的罪名处死了，而为裴炎求情的官员，也遭到了武则天的清算。
从这件事可以看出，武则天能够坐稳皇位，除了她有做皇帝的天赋，另一方面就是她当断则断，能够在最短的时间内清除对自己不利的人。
