起初建文帝启用老将耿炳文和李景隆为主帅，然而由于南北军力差距过大，建文帝官兵接连失败，大批的官兵主力被歼灭，最后乘胜追击，并在建文帝四年攻下首都南京，然而战争结束，建文帝却不知所踪，有人说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。
其实建文帝早已被朱棣杀死，起初朱棣是打着"清君侧"的名义起兵，最终攻下南京，也把齐泰、黄子澄等人灭了九族，按理说已经完成任务，如果这时建文帝还活着，按道理朱棣应该退兵了，让建文帝继续执政，可是朱棣并不傻，自己拼着性命打下的江山说让就让吗。索性杀了建文帝，如果对外宣称是自己杀了建文帝，则自己的帝位不正，很难赢得民心，因此只能谎称建文帝失踪了，自己也不知在哪。而天下不可无主，因此自己才能名正言顺的当上皇帝。
?如果建文帝逃出去了，在起兵讨贼，肯定有大批人士响应，朱棣肯定会在全国搜索建文帝，生要见人死要见尸才安心。因此朱棣对建文帝最好的处置办法就是杀了他，并对外谎称失踪，一来自己的皇位可以名正言顺，二来也不用担心建文帝出去在起兵讨伐自己。
