魏忠贤先是搞出了一个《东林点将录》，将包括东林党人在内的，凡是反对他的人全部写了进去。为了说服小木匠皇帝，还专门仿照水浒一百单八将，搞成了一个通俗易懂的一百零八人的大名单。然后，指使东厂、锦衣卫，大肆抓捕、杀害东林党人，制造了有名的“东林党狱”。
东林党中，正直、有气节、有操守的骨干人员，在此期间基本上被魏忠贤屠戮殆尽。东林书院也被小木匠明熹宗下令拆除，还波及了全国的其他书院。自此，朝堂之上，阉党成了一家独大。正所谓是“东林误国，阉党害国”，明朝的形势也开始急转直下。
崇祯登基之后，意识到了阉党的恶行，贬斥了大量的阉党成员，并逼死了魏忠贤。不过，崇祯又有点矫枉过正。之后，他为东林党人恢复了名誉，重修了东林书院，保全了剩余的东林党人。可是，崇祯此后的大肆杀伐，却让大明朝堂彻底失去了活力，最终导致大明朝走向了灭亡。
我们常说，有人的地方就有江湖。人是社会型的，那么拉帮结派，形成小团体，是非常正常的现象。各团体之间，如果即能够互相竞争，又相互促进，形成良性循环，就能让社会和组织持续的发展。否则，就会导致停滞不前，甚至发生严重的倒退。明末党争就造成了不良的结果。
明末党争激烈之时，东林党和其他党人都失去了正确方向，变成了仅为一口气的义气之举。这时候，就应该是大明皇帝站出来，拨乱反正，重新指明目标，进行各派平衡。但是，万历、泰昌、天启和崇祯，都没有做好。最终，导致了大明王朝的灭亡，东林党也只能成为背锅侠了。
