随即，永昌皇帝李自成，忙着收拾金銮殿，举行了隆重的登基大典，大搞论功行赏之风，以农民特有的方式进行庆祝，手下大小官员，更是一个个忙着收拾相府、官府。义军上下都过着穷奢享乐的生活。
然而，一个月后，多年来在关外穷兵黩武，虎视眈眈，一直想称雄中原狼子野心的大清铁骑在“怒发冲冠为红颜”的吴三桂带领下，向李自成的大军扑了过来。
面对强敌一路追杀，李自成节节败退，先是退守西安，继而败走商州，再退至武昌，终于在通县九宫山李家辅一战导致全军覆没，李自成不知所终。
而李自成也因此留下两大千古谜团。
一是宝藏之谜。
李自成的军队失败以后，在突围之时，将搜刮来的金银珠宝藏进了深山老林，以图东山再起之用，有轶事为证。
相传，李自成有一次逃到了偏僻的山村，在一个农夫家借宿了一宿。在第2天临起身之前，第二天，李自成离开时给农夫留下了一个箱子，并请这个农夫好好保存了这个箱子，千万不要弄丢了。
农夫答应了，这箱子就一直保管在他的手里。几年后，农夫偶然听闻李自成死了的消息。他就偷偷打开了这个长年保管的箱子。
农夫给一看，惊呆了，因为里面竟然全是白花花的银子。这农夫平生也没有见过这么多的金银财宝，激动之余，他也——李自成的部下再来找“麻烦”，于是第二天带着这些金银财宝离开了家乡，不知所踪。
当然，这个轶事是李自成巨额宝藏的冰山一角，至于他的宝藏藏于何处，现在还是一个谜团。
二是生死之谜。
李自成兵败后，是生是死，众说纷纭。
但如今在李自成的故里，人们都在争相传，李自成并没有死，而是逃回了老家，住进了村子的窑洞，后来还在寺院里。据悉，离这不远处有一座隐龙寺，就是李自成寿终正寝的地方。
对此，现在专家还没有定论。当然，就算李自成确实没有被杀害在九宫山，回到老家了，但此后他销声匿迹，没有东山再起，即便是活着，也和死去没有什么差别了。
