善耆虽不是贪官，还曾因为直接验货收税，减去中间盘剥的环节，动了某些权贵的利益，从而遭到了弹劾，惨遭罢免，不过善耆地位不小，很快又在朝廷中任职了。
辛亥革命发生后，清朝宣告结束是迟早的事情，但他却拒绝在清帝退位诏书上签订，并且与日本人勾结，企图复辟。
善耆与日本浪人川岛浪速来往颇多，清末宗社党首领良弼被炸死、清朝灭亡后，善耆在川岛浪速的怂恿下，带着家人逃到了旅顺，鼓吹“中日提携”。
1914年日本大正天皇即位时，48岁的善耆冒着刺骨寒风登上白玉山，拜谒日本侵华将士，此举也引起了众怒，但善耆对日本可谓是掏心掏肺，还将第十四个女儿金碧辉送给川岛浪速做养女。
