在这样的情势下，“国光计划”也开始慢慢淡出蒋介石的视野。1966年2月，“国光作业室”更名为作战计划室，改由作战次长督导，编制仍为四处一室，但将原属联五的“巨光作业室”改编为作战计划室的第二处，将原来第二处敌后作战业务并入第一处，而原业务管制则移入第四处，工作人员额定军官48人，士官3人，但副主任减为3位。1967年10月20日，为配合台“国防部”的精简政策，该机构工作人员减至36人。同年12月1日，为加强保密工作，减少参与攻势计划的作业人员，“国光计划室”大幅缩减下级单位人员编制，由原来的207人缩减为105人。蒋介石听取简报的次数也大为缩减，1970年以后，蒋介石再未听取过汇报。1972年7月20日，“国光作业室”被彻底裁撤，并入台“国防部”作战次长室，存在长达十几年的“国光计划”亦被束之高阁。
华而不实：“国光计划”注定失败
虽然台当局将“国光计划”形容为“最完备的反攻准备”，但是仔细检视该计划，似乎并不是国民党形容的那样完美，其中很多的因子注定了“国光计划”不可能成功。
第一，两岸实力的差距和得失民心的程度决定了国民党“反攻大陆”永远不可能成功。时任台湾“副总统”的陈诚坦承，当时台湾的“国力”只能支持初期登陆作战，登陆作战后便要以战养战，即以3个月的准备，打6个月的仗。朱元琮认为，这“实难做到”。
第二，“国光计划”的保而不密致使大陆对国民党军队的行动了如指掌。虽然国民党当局将“国光计划”列为最高机密，但是，据前“海军司令”叶昌桐回忆，当时一位负责保密防护的官员告诉他，才刚刚开完会简报的案子，第二天中国大陆就透过广播公开。叶昌桐也认为，泄密到这种程度，登陆军上岸形同瓮中之鳖，根本不能打。而著名的黑猫中队在飞赴大陆上空进行侦察任务时，竟然能听到飞行员的父亲喊话的声音广播。
第三，国民党对美援的过度依赖严重掣肘该计划的实施。时任“光明作业室”主任的王河肃承认，“若无美国的武器装备和经济支援，以当时台湾的能力与大陆对抗，其成功率为几，不难获知”。而时任“启明作业室”主任的吴文义少将指出，“在作业期间最感困难的事，是计划所用兵力后，支援作战的能力感到不足”。在突击登陆时，所需的登陆小艇如LCVP、LCM及登陆运输车LVT-4等多数不能满足突击登陆需要，而美国为了阻止蒋介石“反攻大陆”，刻意不向台当局提供这些装备。
半个多世纪的烽火硝烟已经一扫而过。回首两岸历史，深感和平的宝贵和时间的轮回。当前，两岸关系已经迈入和平发展的轨道，两岸理应珍惜和平发展的美好机遇，通过建立政治互信、加强交流交往，最终实现两岸的和平统一。
