可是到了解放战争的时候，这支部队就变成了蒋先生的工具了。在蒋先生退败台湾后，第八军的军长也抛下了部队，也随之逃向台湾。而这时候的九十三师就变成了彻底的孤军，没办法他们只能带着包括亲属家人在内的七千多人，如同逃荒的难民一般一直撤退到了缅甸境内，而远在台湾的蒋先生还在下命令，让他们在这里驻扎以等来日的反扑。
这个时候缅甸方面的态度也发生了一百八十度的大转变，缅甸政府把这支孤军当做了入侵者，并且多次警告其离开缅甸国境。可是缅甸当时的情况却是国内处于四分五裂的状态所以对于这种威胁九十三师是不屑一顾的。虽然九十三师在解放战争中毫无建树，但是应对缅甸军方这种虾兵蟹将还是绰绰有余的。
所以缅甸政府派出的军队全都被九十三师打的毫无还手之力，而九十三师见缅甸的军队都是这种软脚虾，自然也就肆无忌惮起来开始反客为主在这片地区扎根下来，成为了金三角地区强大的势力之一，而缅甸政府见打不过九十三师的孤军，于是就状告联合国安理会要求远在台湾的蒋先生将他们撤回到台湾。
