回到南京的孙科，也担任了不少职位，但因为“广州国民政府”的事情，他与蒋介石关系一直不怎么样。
1949年，再次出任行政院长的孙科，竭力逼迫蒋介石下野，主动要求进行“和平谈判”，不过“和平谈判”最终失败，渡江战役后，国军全线溃败。
见大势已去，蒋介石也只能败退台湾，但因为“逼宫”的事，孙科没有去台湾，而是选择去了法国，因为他的几个孩子都在美国，所以一年后孙科移居美国。
孙科虽一直担任国民政府要任，但为官清廉，一直没有存下多少积蓄，他“不蓄私财”的习惯很像他的父亲，但是囊中羞涩令他在国外一直过着清贫的生活，没有收入的孙科夫妇都是靠儿女接济，但儿女并不是大富大贵之人。
