1991年6月25日，南斯拉夫联邦开始解体，斯洛文尼亚和克罗地亚率先宣告独立。数月后，波黑和马其顿也宣告独立出去，翌年4月，塞尔维亚和黑山两个共和国联合组成“南斯拉夫联盟共和国”，至此原南斯拉夫联邦分裂为五个独立国家。在南联邦解体过程中，多数共和国都不同程度爆发了战争，其中最严重的内战发生在波黑境内，并涉及相邻的塞尔维亚和克罗地亚。马其顿共和国位于巴尔干半岛中部，是个多山的内陆小国，面积约有2.5平方千米，在巴尔干狼烟四起时，它曾幸运地躲过战争困扰。
错综复杂的民族矛盾，始终是影响巴尔干半岛稳定的最大因素，马其顿也不例外。马其顿人口约有210万，其中马其顿族占2/3，阿尔巴尼亚族占近1/4，是国内最大的少数民族。马其顿独立后，当局在对待阿族人合法权利和要求方面，曾给予了一定满足，使得两族基本能够和平相处。1995年，在西方国家强力介入下，巴尔干交战各方签订了《岱顿协定》，实现了全面停火。然而不久，与马其顿接壤的科索沃地区紧张起来。科索沃是塞尔维亚一个自治省，主要生活着阿尔巴尼亚人，激进分子组成“科索沃解放军”，走上了以暴力争取独立的道路。
面对国家分裂，南联盟总统米洛什维奇坚决予以镇压，西方国家则以难民威胁“欧洲安全”为由，强力插手科索沃问题，炮制出一个和平方案，要求交战双方签字同意。由于西方国家明显偏袒科索沃分裂势力，南联盟塞尔维亚方面拒绝签字。于是，北约对南联盟进行大规模空袭，连续轰炸78天后迫使其妥协，同意撤军科索沃，由北约负责安全保障。然而，北约维和部队进驻科索沃后，不仅没有彻底解除阿族非法武装“科索沃解放军”的武器，反而将其改编为“科索沃保安团”，这无疑助长了阿族极端势力的气焰。
