但美国在对菲律宾的战争行为中，多次屠杀平民，犯下滔天罪行，其中最臭名昭著的便是在穿越撒马尔岛期间的军事行动中，发动了骇人听闻的大屠杀。
遭到屠杀的菲律宾民众，他们甚至没有被武装，但被杀害后就被美军丢入战壕中。史密斯向美国315海军陆战队一个营的指挥官利特尔顿沃勒少校发出指示，要他向萨马尔增援部队，内容是：“我不想要俘虏。我希望你杀人放火，你杀的越多烧的越多，我越高兴，我希望所有能拿武器对抗美国的人都被杀掉。”当沃勒问及所谓的年龄限制是多少岁的时候，史密斯回应：“十岁”。
随后美军进行了持续和广泛的屠杀菲律宾平民的行动，萨马尔岛的粮食和贸易供给被美军完全切断，意在使反抗的菲律宾人挨饿直至屈服。史密斯对萨马尔岛的任务是破坏，迫使居民停止支持游击队，因恐惧和饥饿转向美国人。他利用自己的部队在内地扫荡，寻找游击队，并试图抓获菲律宾将军比森特卢卡坎，但他没有采取任何行动阻止军队与城镇居民之间的接触，所以
直接导致了美军纵队横越该岛，摧毁房屋，肆意向人开枪，并猎杀动物。
这场浩劫中，被美军杀死的菲律宾军人和平民的数量永远不为人所知。投降的菲律宾士兵，其中的大部分遭到美军的屠杀。指挥官利特尔顿沃勒少校由于事后畏惧制裁，所以在报告中谎称：“在十一天的时间里，他的手下烧毁了255所住宅，枪杀了13头水牛，并杀害了39人。”但这个数据显然不能相信，美国陆军给出的统计数据是1万人，而菲律宾历史学家则认为这一数字应该是10万人。
