不仅管碧玲言论有争议，台当局陆委会主管邱太三答询时表示，在检察官调查过程中，希望台湾民众不要对海巡过度苛责，执法过程确实很难避免意外发生。
中国国民党民意代表赖士葆表示，现在台行政机构看守团队都很凶、姿态很高，藉由这件事打"抗中保台"的牌，管碧玲也以此累积未来参选高雄市长的筹码；邱太三也为了保住官位，有意上升两岸恶意螺旋，并质疑"海委会"与陆委会背后是否又是台当局安全单位授意如此操作，事事推给大陆，累积下次选举的筹码。
台湾民众党民意代表林国成也批评，该案与认知作战无关，陆委会一下强调事件是"无预警突发"，一下又指控大陆"认知作战"，到底要相信哪个说法，不觉得有点自相矛盾？
