最终日航客机所有乘客和机组人员安全从飞机上撤离。"在不到20分钟的时间内。"新加坡《联合早报》称，飞行专家认为，火势在前90秒的时间内集中在一个地方，机组人员迅速疏散乘客，且乘客在逃离时未带随身行李，是所有人成功逃生的关键因素。美国有线电视新闻网（CNN）称，在飞机停下来的几秒钟内，逃生滑梯就完成充气了。
一些航空专业人士对CNN表示，现在的航空业处于良好状态："现代飞机的坚固性和飞行员处理异常情况的培训已经发展了几十年，达到自航空业诞生来最安全的时期。"他们说，许多程序得到完善，空乘人员无须等待机长指令也能自行发起疏散，这节省了时间。报道称，在以往的类似事故中，比如在1985年英国曼彻斯特飞机起飞失败并失火的事件中，飞行员未能成功下令疏散，多数遇难者因为吸入烟雾死亡。
空管和海保厅机长说法不同
据东京消防厅消息，撞机事故引发的火灾在事故发生约8个半小时后，于3日凌晨2时15分左右被完全扑灭。日航客机机身已呈焦黑色，仅机翼和机尾部分保持原样。当天，东京警视厅进入事发现场的C跑道进行调查。日本运输安全委员会派出6名航空事故调查员，以查明事故原因。运输安全委员会调查官3日对媒体表示，已回收了海上保安厅飞机上的飞行记录仪和语音记录器。
目前事故原因还在调查中，预计多种因素将被纳入考虑。不过，人们普遍猜测调查人员将重点调查空中管制人员向两架飞机发出的指令。据日本《朝日新闻》报道，日本国土交通省3日傍晚公布了空管员同两架飞机的通话记录。根据记录，空管员在2日下午5时43分2秒，指示日航班机"请继续进入跑道34R"。下午5时44分56秒，空管员又向日航班机发出"跑道34R，着陆没有障碍"的通知，紧接着日航班机复述了该内容。
另一方面，下午5时45分11秒，空管员向海上保安厅飞机下达了"请在地面上滑行到跑道停止位置C5（跑道旁的滑行道上）"的指令。海上保安厅飞机也回应称："我们将前往跑道停止位置C5。"日本国土交通省表示，从通话记录来看，空管员没有对海上保安厅飞机下达进入跑道的许可。但飞机机长在事故发生后曾表示，我们认为空管员下达了进入跑道的许可。日本广播协会（NHK）称，海上保安厅飞机机长和空管员对指令的理解"完全不同"。
