1399年，朱棣援引祖训，以"清君侧"，诛齐、黄为名，誓师北平，举兵"靖难"。建文帝先后派耿炳文和李景隆等率师北伐，都被朱棣军打败。经过4年"靖难之役"，1402年朱棣攻入京师南京。惠帝不知所终，齐泰、黄子澄、方孝儒均被杀，受牵连者达数万人。1402年7月17日（明建文四年六月十七日）朱棣即位，是为明朝第三代皇帝明成祖，年号永乐。
因为朱元璋立国之后就延续了古代的嫡长子继承制，也就是说皇帝死了就由嫡长子来继承皇位，即使嫡长子早逝，也会有嫡长孙来继承，就算没有嫡长孙也会由其他的嫡子来继承，很难轮得到庶子。而《明史》中说："文皇帝讳棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。"这就从官方承认了朱棣继承皇位的合法性，但是经过历代史学家的考证，都认为其中有篡改的内容，所以认为朱棣不是马皇后所出。
朱棣继位以后非常注重监察工作，恢复了已经被朱元璋废除的锦衣卫。作为皇帝的耳目四处搜罗消息，尤其是对调查贪官污吏。厂卫作为笼罩着神秘的色彩的机构，成为了明朝权利最大的部门之一，但同时因为他们做事不择手段、对人心狠手辣，逐渐使人们谈之色变。在若干年以后，东厂和锦衣卫成为了罪恶、阴谋、贪婪的代名词。而这一切的始作俑者就是朱棣。
