杀了大汗，也先不再伪装，自称蒙古大汗，要求蒙古诸部落臣服自己。但由于成吉思汗曾给蒙古人带来无上辉煌，其后人所组成的黄金家族是蒙古人共主已经是那段时间的草原共识。也先杀死蒙古大汗可谓是以下犯上的大逆不道之辈，一时间成为草原公敌。
同时由于也先"恃强，日益骄"，对下属如牛马一般的招待，瓦剌内部也开始千疮百孔，瓦剌部落贵族阿剌知院，在自己儿子被也先整死之后，起兵将其诛杀。
而蒙古鞑靼部落趁瓦剌内斗领头出兵围攻，将瓦剌部直接肢解。《明史》：自也先死，瓦剌衰，部属分散，其承袭代次不可考。
瓦剌这个曾经打败明朝精锐部队的少数民族政权，就像一捧沙，飘散在大漠的风里，悠悠掉落，再也找不到。
在"土木堡之变"后，让瓦刺败亡的不是蒙古人做的事情本身，而是在超负荷战争中损伤元气之后，又面临内部的种种矛盾，最终导致分裂。
分裂后，强大的瓦剌越来越小，最终完全消失。
