同为辽东有数的名将，袁崇焕为什么要私自处死毛文龙？答案很简单：袁崇焕还是当初的袁崇焕，毛文龙却不是当初的毛文龙了。多年的军旅生涯中，袁崇焕除了越来越能打，那腔保家卫国热血和在孙承宗帐下时并无区别，这是儒生从军的优势之一。但毛文龙不同，他是由一个游手好闲的浪荡子弟，在镇江大捷中一战成名的，为了获取钱财毛文龙不择手段。
袁崇焕处死毛文龙有两大公心：其一，毛文龙变质了，"皮岛"长期孤悬海外，毛文龙又是贪好财货之人，为了取利他变得不择手段。夸大编制冒领军粮；海外走私从中渔利；消极怠战保存实力等。都证明了毛文龙更像一个小军阀，而不是尽心尽力牵制后金的大明忠臣。其二，袁崇焕认为毛文龙"变心"了，袁崇焕认为毛文龙有投降女真的可能性，因此决定先下手除掉毛文龙。
但袁崇焕对毛文龙"变心"的判断是有误的，其中夹杂着书生的操守观念，"变质"的毛文龙使得袁崇焕对他的主观印象极差。但毛文龙投降女真是不现实的，至少五年之内，或者说明军没有完全退回山海关内时，毛文龙是不会投降的。骁勇善战的女真不善水战，对"皮岛"威胁不大；而大明又能给毛文龙丰厚的财物、补给、军需，他没有投降的理由。毛文龙的贪财和袁崇焕的书生意气一样，使得他们投降女真的可能性极低。
除了两大公心，袁崇焕处死毛文龙还是有一些私心的：毛文龙"皮岛"之上不过四五万人，他却对明廷谎报有十万人要领军饷，实际青壮数量甚至不足两万。此时的大明早已是江河日下，袁崇焕处死毛文龙，节省大量军饷加固"宁锦防线"是用心是良苦的，但也造就了皇太极再无后顾之忧的事实。
