然而西域属于西北地带，气候如何可以想象，加之土地贫瘠大漠戈壁，很难用治理中原的方式管理，想要压服只能从中原发兵，但从边境玉门关算起，直线距离1500公里才能到达南疆重镇喀什噶尔，而行军路艰难日行不过数十里。而左宗棠认为进疆平乱只需精兵一万，又对老湘军进行了大规模裁兵，挑选出百战精兵又吸收陕甘马军，但都是与军费有关联。
因为人员精简车队的数量也减少了，在载重减少的情况下左宗棠选择了西洋火器，有了这些先进的装备完全不输欧洲强国的军队，就算当初打白莲教的时候也不舍得用西洋火器，这些西方垄断产品非常昂贵，但在西北战场上总共筹集军饷4200万两，军火装备其实只占用220万两白银，为何只占这么小的比例花费如此多的军饷？
在这三年征战中，西征军的粮草，最初是从甘肃采买的，而从此地粮运到新疆东部，巴里坤需要三十日路程，却有不敢用骡马因为所需时间太长，运输路上不但马要吃人也需要消耗粮食，没到目的地就消耗光了，左宗棠最终选择食量小的骆驼进行运输，但购置一批骆驼花费很大，而且载重很小，就算在包头运粮也需要九两银子百斤，而如此庞大的军费大半消耗在运输粮草上。
我国国土辽阔，加之古代交通不便，路途上道路的不完善，注定远征讨伐需要付出巨大代价，而且越往国土边境越是人烟稀少，物资资源与人力资源稀缺，所以历朝历代很难管理到边境以外之地，清朝就算在鼎盛时期也止步于新疆，而且当地自治居多。
