1683年，在清朝的持续打击下，割据台湾的郑克塽（郑成功之孙）投降，清朝正式将台湾纳入版图，彻底消除了东南沿海的隐患。
与此同时，漠西蒙古的准噶尔汗国持续向东扩张，击败了漠北蒙古喀尔喀部，并妄图吞并漠南蒙古，甚至进兵中原，对清朝构成了极大的威胁。康熙果断出击，三次出击，其首领噶尔丹兵败阵亡。漠北蒙古喀尔喀部归降清朝。
不过噶尔丹虽死，但准噶尔汗国依然占有西域，甚至染指青海和西藏地区。最终经过康熙、雍正和乾隆三代皇帝的努力，于1758年彻底击败了准噶尔汗国，从而控制了西域、青海和西藏地区，使清朝版图达到鼎盛。
